Op het voormalige werkeiland Lelystad-Haven werden vanaf het midden van de jaren 50 van de twintigste eeuw gezamenlijke erediensten gehouden. Erediensten in de geest van de polderpioniers: samen iets nieuws beginnen, betekent samen op weg gaan. In Lelystad trokken Hervormden en Gereformeerden vanaf het begin gezamenlijk -in federatief verband- op. Sinds 1997 tevens met de Lutheranen van de Evangelisch Lutherse Gemeente in Flevoland. De Federatie presenteerde zich tot 2005 onder de naam Samen op Weg-kerk Lelystad.
Per 1 mei 2004 werd de Hervormde Kerk en de Gereformeerde Kerk verenigd in de Protestantse Kerk in Nederland. Toen werd ook duidelijk dat er gewerkt moest worden aan een zelfstandige Hervormde Gemeente Lelystad. In februari 2008 was de vorming van de Protestantse Gemeente te Lelystad een feit. En ook die van de Hervormde Gemeente Lelystad.